Fundusz Mikro został założony w 1994 roku przez Polsko-Amerykański Fundusz Przedsiębiorczości, aby promować rozwój przedsiębiorczości w Polsce poprzez udostępnianie kapitału w formie pożyczek właścicielom mikro i małych firm.
Fundusz Mikro wypracował unikalną formę współpracy finansowej z klientami, opartą na zasadzie partnerstwa i wzajemnego zaufania oferując stały dostęp do kapitału na prostych warunkach, bez zbędnie rozbudowanych formalności. W swojej ponad 18-letniej działalności, Fundusz Mikro stał się wiodącą instytucją w zakresie mikrofinansowania w Polsce i jedną z największych w Europie Środkowej i Wschodniej. Od powstania, Fundusz Mikro udzielił ponad 130.000 pożyczek na ponad miliard złotych, dla 57.000 właścicieli mikro i małych firm. Ponad 60% klientów Funduszu Mikro to stali klienci.
Wiele instytucji mikrofinansowych w Europie wzorowało swoje programy pożyczkowe na doświadczeniach Funduszu Mikro. Efektem współpracy było bezpośrednie zaangażowanie Funduszu Mikro w powołanie do życia Centrum Organizacji Pożyczkowych w Europie Środkowej i Wschodniej (Microfinance Centre - MFC), aby wspierać instytucje mikropożyczkowe w naszym regionie. Fundusz Mikro jest członkiem Microfinance Centre.
W maju 2012 roku Fundusz Mikro uzyskał pomoc techniczną finansowaną z Unii Europejskiej w ramach projektu JASMINE oraz przeszedł, z bardzo dobrym wynikiem, wnikliwą ocenę przeprowadzoną przez renomowaną firmę - Planet Rating. Fundusz wprowadza innowacyjne metody udostępniania pożyczek przedsiębiorcom na terenie całego kraju tak, aby proces pożyczania był jeszcze bardziej uproszczony i skrócony do minimum formalności. Nowa metoda, dotąd nie stosowana w innych instytucjach finansowych w Polsce, polega na współpracy FM z zainteresowanymi przedsiębiorcami, którzy mają utrudniony dostęp do finansowania prowadzonej działalności z uwagi na restrykcyjne wymogi prawa bankowego. Ci klienci mogą się ubiegać o finansowanie w FM, jeśli spełniają warunki pożyczkowe Funduszu Mikro.